Informatie

Wat betekenen "e" "-" "C" en "E" in deze uitvoer?

Wat betekenen


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ik heb een invoer gegeven van deze eiwitsequentie:

MEPVDPRLEPWKHPGSQPKTACTTCYCKKCCFHCQVCFTTKALGISYGRKKRRQRRRPPQGSQTHQVSLSKQPTSQPRGDPTGPKE

van deze website samen met de optie van COBEpro. Nu is de uitvoer die door deze site naar mijn e-mail is verzonden als volgt:

Naam: temp_prot Aminozuren: MEPVDPRLEPWKHPGSQPKTACTTCYCKKCCFHCQVCFTTKALGISYGRKKRRQRRRPPQGSQTHQVSLSKQPTSQPRGDPTGPKE Voorspelde continue B-cel epitopen:
MEEST WAARSCHIJNLIJKE EPITOPEN:
0.82848577 39 TKALGIS CCCCCEE eee-e-e
0.82036375 39 TKALGI CCCCCE eee-e-
0.76503265 38 TTKALGI ECCCCCE eeee-e-
0.73178638 73 TSQPRGDP CCCCCCCC -eeeeeee

en nog een paar. Kun je me nu vertellen dat ik, als ik kijk naar het allereerste resultaat, heb kunnen vinden?TKALGISin de bovenliggende reeks maar kon niet vindenCCCCCEE. Wat is ditCCCCCEE? En wat doet dit?eee-e-egemeen?


CCCEEE enzovoort. zijn de secundaire structurele elementen. In dit geval is deCverwijst naar niet-streng- en niet-helixregio's d.w.z lusgebieden in plaats van een opgerold gebied. DeCofEverwijst meestal naar de vraag of het residu is opgerold (C) of een deel van een streng (E).Hzou worden gebruikt om een ​​helix aan te duiden, maar in de vraag lijkt het erop dat er geen helices zijn. Deze letters zijn vaak verschillend in verschillende software: het is slechts een punt van semantiek tussen verschillende software.

eof-verwijst naar of het aminozuur op die positie is blootgesteld of niet (-= begraven).

Voor de methode is hier het COBEpro-papier, hoewel het erg technisch lijkt. De helppagina heeft gemakkelijker toegankelijke informatie over de uitvoer.