Mijn BRIG-run is verdacht snel. Wat is een typische tijdsduur voor een run?

We are searching data for your request:

Forums and discussions:

Manuals and reference books:

Data from registers:

Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ik gebruik het BRIG-programma (BLAST Ring Image Generator) om de genomen van prokaryoten te vergelijken. Het voert een lokale BLAST+ uit en visualiseert de resultaten als ringen rond het referentiegenoom. Ik heb drie genomen (~5 miljoen tot ~5,5 miljoen basenparen lang) van de NCBI gedownload om de applicatie mee te testen. Het duurde slechts 5 tot 10 minuten voordat BRIG klaar was. In mijn persoonlijke ervaring is BLAST nooit zo snel. Zeker niet bij het vergelijken van hele genomen. Ik ben er ook vrij zeker van dat mijn computer niet zo snel is en het veranderen van BLAST-parameters maakt niet veel uit. De output lijkt echter goed te zijn.

Is mijn input gewoon klein, is mijn pc beter dan ik weet of ben ik me er niet van bewust?

Wat zou een typische tijd zijn voor een run van die omvang?

bronnen:
Website BRIG
Gebruikte genomen: